Los imputados son los exmilitares Rafael Larios, Orlando Zepeda, José Espinoza, Gonzalo Guevara, Francisco Fuentes, Óscar Amaya, Ángel Pérez, José Alberto Sierra, Arnoldo Cerna, Ulises Cuenca y Alberto León.
El Juzgado Tercero de Paz de San Salvador anuló un requerimiento fiscal del 2000, cuando fueron sobreseídos dos militares por el asesinato de los sacerdotes
Los jesuitas Ignacio Ellacuría, Segundo Montes, Ignacio Martín Baró, Joaquín López y López, Amado López y Juan Ramón Moreno, y sus colaboradoras Elba y Celina Ramos, fueron asesinados el 16 de noviembre de 1989.
La Comisión de la Verdad instaurada tras la guerra civil (1980-1992) determinó que el Alto Mando del Ejército dio la orden de asesinar a quienes desde su labor pastoral abogaban por erradicar la desigualdad.
Hace dos años, el Instituto de Derechos Humanos de la UCA pidió reabrir el caso, aún cuando la Fiscalía podía actuar de oficio, tras la anulación en 2016 de la Ley de Amnistía.
Aquella iniciativa se hizo pública después de que el gobierno de Estados Unidos anunciara la extradición a España del militar salvadoreño Inocente Montano, para responder por la autoría intelectual de tales asesinatos.