En el año 2017, las autoridades de la Universidad Centroamericana “José Simeón Cañas”, UCA, solicitaron ante el Juzgado Tercero de Paz de San Salvador, la reapertura del caso por el asesinato de seis sacerdotes jesuitas y dos de sus colaboradores, cometido el 16 de noviembre de 1989, a manos de miembros del Ejército.
En el año 2000, el caso fue cerrado con un sobreseimiento definitivo por parte de la jueza Ana Lorena Rodríguez. El Fiscal General de ese entonces, Belisario Artiga, fue quien pidió a la jueza que cerrara la causa en virtud de la existencia de la Ley de Amnistía y porque el caso ya había prescrito.
Tras la sentencia de la Sala de lo Constitucional de la Corte Suprema de Justicia, el 13 de julio de 2016, que declaró inconstitucional la Ley de Amnistía, la UCA, como parte de la Compañía de Jesús, solicitó la reapertura del caso.
Desde entonces, los abogados defensores de los militares acusados por la masacre de la UCA han presentado una serie de recursos que debe resolver la Sala de lo Penal de la Corte Suprema de Justicia, y esto es lo que mantiene paralizado el proceso.
Además, la Fuerza Armada se sigue negando a entregar los archivos militares de los operativos ejecutados durante la guerra. El sub director del Instituto de Derechos Humanos de la UCA, Idhuca, Manuel Escalante, explicó las solicitudes que ha realizado la institución para agilizar el proceso.
Por el asesinato de los sacerdotes jesuitas y sus dos colaboradoras, el exviceministro de Defensa Inocente Montano es el único extraditado y detenido en España y se le señala como uno de los autores intelectuales, y está a la espera de que se conozca el veredicto de la Audiencia Nacional de España por el juicio realizado recientemente.