El 16 de noviembre de 1989, cuando la ofensiva final declarada por la guerrilla del FMLN, y ante la debilidad que demostraba la fuerza armada salvadoreña, especialmente en defender los ataques de la guerrilla en la ciudad de San Salvador. El Estado Mayor de la Fuerza Armada, decidió eliminar a 6 sacerdotes jesuitas de la UCA, a quienes acusaba, de ser quienes dirigían la ofensiva del FMLN.
El Cobarde ataque, lo realizaron miembros del Batallón Atlácatl, quienes fueron entrenados por los Estados Unidos y según las investigaciones los encargados de dirigir la macabra operación, para asesinar a los jesuitas se le encargó al director de la Escuela Militar Coronel Guillermo Alfredo Benavides Moreno, con otros oficiales miembros del El Batallón Atlácatl, quienes en la madrugada del 16 de noviembre, asesinaron a los 6 sacerdotes jesuitas y sus 2 colaboradoras.
Después de los Acuerdos de Paz, Alfredo Cristiani, Arena y el PCN, manipularon una Ley de amnistía, que jamás fue parte de los Acuerdos de Paz, donde trataron de salvar, de responsabilidades al Estados Mayor de la “tandona” y otros altos militares involucrados en esta acción criminal. En vista de lo anterior y cuando la Sala de lo Constitucional, declaró ilegal la Ley de amnistía, en esta fecha, El Juzgado 3° de Paz de San Salvador, tiene previsto abrir el juicio, sobre la masacre de los jesuitas, llamando a declarar al expresidente de ARENA Alfredo Cristiani, quien era el comandante de la fuerza armada, e igualmente a unos 5 miembros del Estado Mayor, quienes han sido citados por el próximo martes 10 de abril. Vale la pena recordar, que, desde hace algunos años, la PNC, giró órdenes de captura en contra de unos 20 militares acusados de participar en crimen de los sacerdotes jesuitas. Sin embargo, hasta la fecha, estos militares han desaparecido “por arte de magia” y ni la PNC, el Ejército salvadoreño, ni la misma INTERPOL, han encontrado a estos militares y muchos creen, “que podrían estar siendo protegidos en algunos de los cuarteles de Santa Ana, Chalate, San Miguel, Cabañas, o de otras instituciones militares”, tal como sucedió, cuando se conoció que la INTERPOL ordenaba su captura y estos militares de inmediato “corrieron” al excuartel de la Guardia Nacional, donde fueron protegidos y después librados, desde ese entonces, estos militares han “desaparecido” y no sería malo, que se los buscaran con GPS, o seguirán muriendo por la edad, como sucedió con el General René Emilio Ponce.
Por su parte, la UCA le ha señalado al juez, que presentará descargo a favor del expresidente Alfredo Cristiani como autor intelectual, de la masacre de los jesuitas.
